ปัญหาในเรื่องของคุณภาพข้าวที่สำคัญและส่งผลต่อการส่งออกข้าวไปยังต่างประเทศอย่างหนึ่ง คือ ปัญหาการ ปลอมปนพันธุ์ข้าว ซึ่งอาจนำมาซึ่งการสูญเสียรายได้และรวมถึงภาพพจน์ของการค้าข้าวของประเทศไทยได้ โดยการปลอมปนของพันธุ์ข้าวอาจเกิดจาก
- ตั้งแต่การปลอมปนของเมล็ดพันธุ์ข้าว ก่อนเพาะปลูก
- การกลายพันธุ์ หรือ การผสมข้ามสายพันธุ์ ขณะกำลังเจริญเติบโต
- การปนเมล็ดข้าวเปลือกในขณะเก็บเกี่ยว หรือ ในขณะที่เข้าโรงสี
- การปลอมปนโดยเจตนาเพื่อเพิ่มผลกำไรจากการค้า